水质是衡量鱼虾质量的指标。许多有经验的农民可以通过水质判断鱼虾的情况，判断鱼虾是否生病，或者是否可以淹没池塘。除了传统的方法（注水、曝气和生石灰）外，还有一种新的水质净化方法，它使用水质调节剂：EM储备液。EM菌含有多种功能微生物，能有效分解各种有害物质。当水质太肥、混浊、透明度低时，适量EM菌液能保持水质清澈，防止水体老化，促进浮游生物生长，防止鱼类疾病的发生。此外，与传统方法相比，EM菌原液的使用还可以为鱼虾带来丰富的天然食物。EM菌液中的功能微生物可分解水生植物、残留饲料、粪便等，形成鱼虾食用所需的营养素。应用EM菌原液后，水中浮游生物大量繁殖，池水呈绿色或棕绿色，效果非常理想。EM菌液渗入水体后，其种群功能可杀灭或抑制病原微生物和有害物质，调节水产养殖生态环境，增加水中溶解氧（氧），促进水产养殖生态系统中正常植物群和有益藻类的活化和生长，维护水产养殖水体的生态平衡；饵料饲养可直接提高鱼类的吸收功能、抗病能力和抗应激能力，促进鱼类健康生长。EM菌液中的光合细菌还可以利用水中的硫化氢、有机酸、氨和氨基酸去除反硝化过程中的亚硝酸铵，从而净化养殖池塘中的排泄物和残留饵料污染，改善水质，减少鱼类疾病。